Як з'ясувалося, багатьом довелося чекати більше місяця, поки їм пред'являть обвинувачення. Щодо деяких ув'язнених слідчі дії з метою довести їхню причетність до тероризму не проводилися кілька тижнів. У доповіді особливо критикується слідчий ізолятор Metropolitan detention centre у Нью-Йорку. Там 84 ув'язнених утримувалися в особливо суворих умовах, перебуваючи під замком не менше 23 годин на добу. Під час конвоювання їх сковували наручниками по руках і ногах, а також застосовували важкі ланцюги. Вони мали право лише на один дзвінок на тиждень, що завадило їм отримати своєчасну юридичну допомогу. Деякі також зазнали фізичного та психологічного насильства.
Представники Міністерства юстиції заявили, що всі дії виконувалися відповідно до закону. Вони також додали, що не вважають за можливе приносити вибачення за законні спроби вберегти населення США від терористичних атак.