С 29 марта 2009 года новый пограничный режим введен во всех аэропортах конфедерации. Паспортный контроль отменен для пассажиров внутренних европейских рейсов, осуществляемых между 25 государствами, подписавшими Шенгенское соглашение (все страны Евросоюза за исключением Великобритании и Ирландии).
В аэропортах Швейцарии появятся отдельные авиатерминалы для рейсов из Шенгенской зоны и остальных стран, а также сохранятся таможенные пункты, на которых будут осуществляться выборочные проверки. Как сообщает Deutsche Welle, пока таможенные проверки будут сохранены, а в случаях, если у пограничников возникнут какие-либо подозрения, возможна и проверка документов.